HVAC sistemleri, havanın temiz kalmasını ve zararlı parçacıklardan arınmış olmasını sağlamak için filtrelerin kullanılmasını gerektirir.Mekanik filtreler, elektrostatik filtreler ve HEPA filtreler dahil olmak üzere çeşitli filtre türleri mevcuttur.Mekanik filtreler parçacıkları yakalamak için fiziksel bir bariyer kullanırken, elektrostatik filtreler parçacıkları elektrostatik yük yoluyla çeker ve tutar.HEPA filtreler en verimli olanıdır ve 0,3 mikrona kadar küçük parçacıkları yakalayabilir.

Bir HVAC sisteminin temizlik seviyesi, bir alana verilen temiz hava miktarını ifade eder.Saat başına hava değişimi (ACH) cinsinden ölçülür; bu, bir alandaki havanın saat başına tamamen değiştirilme sayısıdır.Ticari alanlar için önerilen ACH 4-6 civarındayken hastaneler ve laboratuvarlar için ACH 12-15'e kadar çıkabilmektedir.

Bir HVAC sistemi tasarlarken alanın büyüklüğü, doluluk türü ve beklenen hava kirliliği seviyesi gibi faktörlerin dikkate alınması önemlidir.Uygun kanal tasarımı ve hava menfezlerinin yerleştirilmesi de dikkate alınması gereken önemli hususlardır.Sistem, havanın mahal içerisinde eşit dağılımını sağlayacak ve durgun hava birikmesini önleyecek şekilde tasarlanmalıdır.