Temiz oda HEPA filtrelerinin hava saflığının sağlanmasında ve potansiyel kontaminasyonun ortadan kaldırılmasında önemli bir rol oynadığı birçok endüstri vardır.Endüstriyel temiz odalar, hassas ürünleri ve süreçleri havadaki enfeksiyonlardan, mikroskobik parçacıklardan ve diğer kirleticilerden korumak için diğerlerinin yanı sıra tıp, ilaç, yiyecek ve içecek ve yarı iletken endüstrilerinde kullanılır.

Hastanelerde steril ve güvenli ameliyathaneler oluşturmak için temiz oda HEPA filtreleri kullanılır.İlaç ve yiyecek ve içecek endüstrilerinde bu filtreler, mikrobiyal ve kimyasal kontaminasyondan arınmış saf bir ortam sağlamak için kullanılır.Yarı iletken endüstrisinde bu filtreler, üretim hattındaki her türlü kirlenme olasılığını ortadan kaldırmak için toz ve diğer parçacıkların azaltılmasına yardımcı olur.